Trung tâm Y tế thành phố Nha Trang được thành lập từ năm 1990 theo Quyết định số 652/UB ngày 02/01/1990 của Ủy ban nhân dân tỉnh Khánh Hòa và hoạt động cho đến tháng 8/2018Trung tâm Y tế thành phố Nha Trangđược tổ chức lại trên cơ sở sáp nhập Trung tâm Dân số - Kế hoạch hóa gia đình thành phố Nha Trang vào Trung tâm Y tế thành phố Nha Trang theo Quyết định số 2195/QĐ-UBND ngày 03/8/2018 của Ủy ban nhân dân tỉnh Khánh Hòa.
- Trung tâm Y tế Nha Trang là đơn vị sự nghiệp trực thuộc Sở Y tế Khánh Hòa, chịu sự quản lý toàn diện của Sở Y tế, quản lý nhà nước của Ủy ban nhân dân thành phố Nha Trang và chỉ đạo chuyên môn của Bệnh viện Đa khoa tỉnh, các bệnh viện chuyên khoa và các Trung tâm chuyên ngành tuyến tỉnh.
- Trung tâm Y tế Nha Trang là đơn vị sự nghiệp có tư cách pháp nhân, có trụ sở riêng, có con dấu riêng, được nhà nước cấp kinh phí và được mở tài khoản tại kho bạc nhà nước. Trung tâm Y tế Nha Trang là đơn vị sự nghiệp trực thuộc Sở Y tế, chưa xếp hạng được xem tương đương hạng IV, được giao chỉ tiêu 130 giường bệnh.
- Trung tâm được giao quyền tự chủ về tài chính, bảo đảm một phần chi phí hoạt động thường xuyên, được quyền tự chủ trong phạm vi chức năng, nhiệm vụ, quyền hạn được giao theo phân cấp của Sở Y tế, chịu trách nhiệm trước Sở Y tế và trước pháp luật về hoạt động của mình..
- Trung tâm Y tế Nha Trang có chức năng cung cấp dịch vụ chuyên môn, kỹ thuật về y tế dự phòng; khám bệnh, chữa bệnhvà các dịch vụ y tế khác theo quy định của pháp luật.
Tổ chức bộ máy của Trung tâm gồm có:
- Ban giám đốc: 01 giám đốc, 02 phó giám đốc.
- Các phòng chức năng giúp việc cho giám đốc:
+ Phòng Kế toán - Tài chính
+ Phòng Tổ chức - Hành chính
+ Phòng Kế hoạch – Nghiệp vụ.
+ Phòng Điều dưỡng
- Các đơn vị chuyên môn kỹ thuật:
+ Khoa Chăm sóc sức khỏe sinh sản.
+ Khoa Kiểm soát bệnh tật và HIV/AIDS.
+ Khoa Y tế công cộng và dinh dưỡng.
+ Khoa An toàn thực phẩm.
+ Khoa Kiểm soát nhiễm khuẩn
+ Khoa Dân số
+ Khoa Dược – Trang thiết bị - Vật tư y tế
+ 05 phòng khám đa khoa khu vực
+ 27 trạm Y tế và 05 phân trạm y tế (phân trạm Trí Nguyên, Bích Đầm, Vũng Ngán thuộc Trạm Y tế Vĩnh Nguyên, phân trạm Hòn Rớ thuộc Trạm Y tế Phước Đồng, phân Trạm Đắc Lộc thuộc Trạm Y tế Vĩnh Phương).